（一）海洋与水产健康养殖研发中心

主要开展：（1）海洋与水产健康养殖模式及技术体系的建立与应用；（2）养殖病害防控技术研发与应用等

（二）海洋生物资源高值化利用关键技术研发中心

主要开展：（1）海产品贮藏保鲜与冷链物流新技术与装备研发及推广应用；（2）传统水产食品技术与装备提升；（3）海洋营养与功能性食品研究与开发；（4）海产品加工副产物的综合利用；（5）海洋食品与功能生物制品中试基地等

（三）海产品质量与安全检控技术研发中心

主要开展：海水产品（1）致病菌风险评估技术研发；（2）货架期预测技术研发；（3）重金属、海洋毒素、农残等检测控制技术研发；（4）海产品质量与安全检控技术体系的建立。

（四）海洋经济与发展战略研究中心

主要开展：（1）海洋经济发展战略研究；（2）海洋文化与旅游产业研究；（3）海洋经济发展政策与评估。

（五）智慧海洋产业服务中心

（1）组建福建农林大学海洋与水产养殖与加工专家服务团队；

（2）建立技术成果信息库、海洋产业专家库，加强海洋产业技术供求信息、技术成果转化服务的软硬件建设；

（3）配合其他四个中心，面向海洋产业，开展新技术、新产品、新装备、新工艺研发，养殖环境及海产品质量与安全检测控制、人才培养与培训、海洋经济与发展战略等方面的咨询与服务。